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Desde el reformador universitario Guillermo de Humboldt (1767-1835) rige en las universidades el principio de la "unidad de investigación y enseñanza”. Por consiguiente, las universidades alemanas no son meros sitios de formación, sino al mismo tiempo siempre lugares de investigación básica y aplicada independiente. La "ciencia pura” exige ya de los estudiantes un método de trabajo estrictamente científico por lo cual la duración media de los estudios es superior a la de muchos otros países. Las universidades otorgan los grados académicos de Diplom y Magister Artium así como el grado de doctor (además en muchos casos tambíen Bachelor y Master, véase más abajo).
Tienen además el derecho de oposición a una cátedra (Habilitationsrecht) y pueden otorgar la cualificación de docente universitario. En virtud de la nueva Ley Marco del Sistema Universitario (HRG) existe la posibilidad de concluir determinadas carreras con los grados de Bachelor y Master, compatibles con los sistemas universitarios de otros países. Un número creciente de universidades ha introducido estas nuevas modalidades de titulación.
En las diferentes facultades se reúnen las materias de medicina, ciencias naturales, ciencias de ingeniería, humanidades, ciencias jurídicas, teología, ciencias económicas y sociales así como ciencias agrícolas y forestales. Dentro de las facultades una amplia oferta de asignaturas facilita estudios interdisciplinarios o bien una especialización hasta las ramas muy teóricas de una ciencia. Muchas universidades cuentan con bibliotecas y archivos importantes, que favorecen tanto los estudios como las concentraciones individuales. Los estudios universitarios siguen reglas fijas, pero en la mayoría de las disciplinas dejan mucha libertad para seguir líneas de investigación individuales.
Originalmente, en las escuelas superiores técnicas se ofrecieron sólo asignaturas técnicas. Con el tiempo, sin embargo, se convirtieron en escuelas superiores más generales y, por consiguiente, hoy en día algunas universidades y escuelas superiores técnicas ofrecen también carreras de humanidades. No obstante, el campo central siguen siendo las carreras de ciencias de ingeniería y naturales.